荧光显微术是近代显微研究和检测的重要手段之一。在医药、生物、农牧、矿产、工业、环保、法医、商检、粮食、地质众多领域，用途日趋广泛，其主要工具就是荧光显微镜。并且可配用摄影装置进行显微摄影.如配加数码摄像头，数码相机及相关适配器等。

细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。

下面是荧光显微镜和普通显微镜的3大区别：

1.照明方式通常为落射式，即光源通过物镜投射于样品上；

2.光源为紫外光，波长较短，分辨力高于普通显微镜；

3.有两个特殊的滤光片，光源前的用以滤除可见光，目镜和物镜之间的用于滤除紫外线，用以保护人目。